แพบูเกิดที่สต็อกโฮล์ม ประเทศสวีเดน มารดาเป็นนักเคมีชาวเอสโตเนียชื่อ การิน แปโบ (Karin Pääbo)[5] บิดาเป็นนักชีวเคมีชื่อ ซือเนอ แบร์ยสเตริม[5] ซึ่งเป็นหนึ่งในผู้ได้รับรางวัลโนเบลสาขาสรีรวิทยาหรือการแพทย์ร่วมกับเบ็งต์ อี. ซอมูเอิลซ็อน และจอห์น อาร์. เวน เมื่อปี 1982[13]

เขาจบการศึกษาปริญญาเอกจากมหาวิทยาลัยอุปซอลาในปี 1986 ด้วยวิทยานิพนธ์เรื่องการค้นคว้าวิจัยเกี่ยวกับวิธีทางที่โปรตีน E19 ของอะดีโนไวรัสกระตุ้นระบบภูมิคุ้มกัน[14]